西历2079年，阴霾笼罩了整个地球。突如其来的迷之机械细胞群开始了世界规模的人类讨伐作战计划，愤怒如火的机器人军团摧毁了人类的家园，让人类四处逃窜。经过了2年的殊死抗争，人类处于劣势，最终只能动用最后的破坏性武器来摧毁敌人。那可怕的毁灭力量让整个地球颤栗不已，南极洲大陆被撕裂成废墟，地球表面50%以上的土地都被海水淹没，海洋深渊里充斥着机器的残骸。然而，当人们以为这场恶战已经结束时，敌人却突然卷土重来。为了查明情况的真相，一艘秘密航空巡洋舰“攻龙”于曰本秘密出发。这艘航空巡洋舰是曰本最先进的战斗机，机身搭载有音速加速器，总共有“零神”“风神”“雷神”三架战斗机。最令人惊叹的是，驾驶这三架战斗机的是三个年轻的少女：樱野音羽、园宫可怜、一条瑛花。她们三人被称为SKYGIRLS，是人类的未来和希望。她们是动漫世界里最神奇的英雄，无畏无惧地飞向战场，用她们的力量拯救人类。这场决战将改变整个世界，SKYGIRLS的勇气和精神将鼓舞人们的内心，为人类的未来打下坚实的基础。展翅高飞的时刻到来了，这三位女孩将携手战斗，为人类迎来新的黎明！g